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圖解blast驗(yàn)證引物教程

2012-6-10  閱讀(7619)

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    圖解blast驗(yàn)證引物教程
                  ——以文獻(xiàn)報(bào)道的人類的ABCG2的引物為例
                    
1、 進(jìn)入網(wǎng)頁(yè):http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
2、 點(diǎn)擊Basic BLAST中的nucleotide blast選項(xiàng)
3、 完成2操作后就進(jìn)入了Basic Local Alignment Search Tool界面
(1)在Enter Query Sequence欄中輸入引物序列:
       注:文獻(xiàn)報(bào)道ABCG2的引物為5-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3;
簡(jiǎn)便的做法是同時(shí)輸入上下游引物。輸入上下游引物系列都從5’— 3’。 輸入上游引物后,加上≥20個(gè)字母n,再輸入下游引物,如下圖:
(2)在Choose Search Set中:
      Database根據(jù)預(yù)操作基因的種屬定了,本引物可選Human genomic + transcriptOthers (nr etc.)。本人傾向于選后者,覺(jué)得此庫(kù)信息更多。如下圖:
 
(3)在Program Selection中:選擇Somewhat similar sequences (blastn)項(xiàng),如下圖:
 
(4)在此界面zui下面:如下圖
Show results in a new window項(xiàng)是顯示界面的形式,可選可不選,在此我們選上了。關(guān)鍵要點(diǎn)擊Algorithm parameters參數(shù)設(shè)置,進(jìn)入?yún)?shù)設(shè)置界面。
 
4. 參數(shù)設(shè)置:
   (1)在General Parameters中:Expect thresshold期望閾值須改為1000,大于1000也可以;在Word size的下拉框?qū)?shù)字改為7。如下圖:
 
 
(2)Scoring Parameters無(wú)須修改
(3)Filters and Masking中,一般來(lái)說(shuō)也沒(méi)有必要改
 
5.點(diǎn)擊zui下面一欄的BLAST按鈕,如圖:
 
6.點(diǎn)擊BLAST按鈕后,跳轉(zhuǎn)出現(xiàn)如下界面:
 
7. 等待若干秒之后,自動(dòng)跳轉(zhuǎn)出現(xiàn)顯示BLAST結(jié)果的網(wǎng)頁(yè)。該網(wǎng)頁(yè)用三種形式來(lái)顯示blast的結(jié)果。
(1)圖形格式:
 
 

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