nanoporetech 使用納米孔測(cè)序技術(shù)的微生物學(xué)

時(shí)間：2021-2-8閱讀：1063

完整的細(xì)菌，真菌和病毒（DNA或RNA）基因組，可進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間的納米孔測(cè)序。通過(guò)快速的病原體檢測(cè)方法（無(wú)論是在實(shí)驗(yàn)室還是在野外），從環(huán)境或單一生物樣品中鑒定并鑒定微生物。如果需要，還應(yīng)附有抗菌素耐藥性分析。使用直接RNA或cDNA方法對(duì)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行測(cè)序，以進(jìn)行準(zhǔn)確的基因表達(dá)和轉(zhuǎn)錄本亞型分析。

通過(guò)長(zhǎng)讀和超長(zhǎng)讀來(lái)簡(jiǎn)化從頭組裝并校正參考基因組
解決結(jié)構(gòu)變化和重復(fù)區(qū)域
測(cè)序和定量全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，以進(jìn)行明確的基因表達(dá)和亞型分析
通過(guò)直接測(cè)序消除偏倚并鑒定表觀遺傳修飾
實(shí)時(shí)獲取結(jié)果，包括物種識(shí)別
使用Flongle，MinION，GridION或PromethION擴(kuò)展到您的需求

全面分析微生物基因組（DNA或RNA）。準(zhǔn)確定位重復(fù)區(qū)域和結(jié)構(gòu)變異，并使用長(zhǎng)測(cè)序讀數(shù)將質(zhì)粒與基因組區(qū)分開(kāi)。簡(jiǎn)化從頭組裝并更正現(xiàn)有的參考基因組?？蓴U(kuò)展以適應(yīng)您從工作臺(tái)到現(xiàn)場(chǎng)的需求。

準(zhǔn)確解析具有挑戰(zhàn)性的基因組區(qū)域（結(jié)構(gòu)變異和重復(fù)）
簡(jiǎn)化從頭組裝和正確的參考基因組，長(zhǎng)讀
使用全基因組，靶向和多路復(fù)用方法
無(wú)需PCR的直接DNA和RNA測(cè)序消除了偏倚
通過(guò)實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)流獲得即時(shí)結(jié)果
可擴(kuò)展以滿足您的需求-1.8 Gb Flongle；30 Gb MinION；150 Gb GridION; 4,800 / 9,600 Gb PromethION P24 / P48

實(shí)時(shí)準(zhǔn)確識(shí)別微生物和相關(guān)的抗藥性（AMR）。Oxford Nanopore提供了完整的解決方案-從快速的10分鐘文庫(kù)制備（DNA）到使用EPI2ME平臺(tái)的實(shí)時(shí)系統(tǒng)發(fā)育和AMR分析。使用宏基因組或靶向16S rRNA方法。使用便攜式MinION或臺(tái)式GridION或PromethION設(shè)備在樣品源處或?qū)嶒?yàn)室中進(jìn)行測(cè)序。

實(shí)時(shí)識(shí)別微生物和AMR，并通過(guò)長(zhǎng)時(shí)間閱讀來(lái)區(qū)分密切相關(guān)的菌株
快速的全基因組或靶向（例如16S）方法簡(jiǎn)化了工作流程
使用便攜式MinION和Flongle在樣品源處進(jìn)行測(cè)序
多重樣品獲得更具成本效益的結(jié)果
可擴(kuò)展以滿足您的需求-1.8 Gb Flongle；30 Gb MinION；150 Gb GridION; 4,800 / 9,600 Gb PromethION P24 / P48

使用全長(zhǎng)納米孔測(cè)序讀數(shù)，解析轉(zhuǎn)錄本亞型并測(cè)量真實(shí)的基因表達(dá)譜。低投入量與快速，簡(jiǎn)化的工作流程相結(jié)合，可進(jìn)行高度敏感的基因表達(dá)分析

測(cè)序完整的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，以明確鑒定轉(zhuǎn)錄本亞型
準(zhǔn)確定量同工型以進(jìn)行敏感的基因表達(dá)分析
使用直接cDNA或直接RNA測(cè)序消除PCR偏倚
輕松識(shí)別反義轉(zhuǎn)錄本和lncRNA亞型
新增功能：使用更新的RNA和cDNA測(cè)序試劑盒，只需較少的投入即可獲得更高的產(chǎn)量

微生物表現(xiàn)出許多類型的堿基修飾，可影響一系列功能，包括基因表達(dá)和抗菌素耐藥性。與基于替代測(cè)序的分析方法不同，納米孔測(cè)序不需要擴(kuò)增或鏈合成，可以減少偏差并保留修飾的堿基信息，這些信息可以與核苷酸序列一起直接檢測(cè)到-無(wú)需額外的樣品轉(zhuǎn)換。

在一次測(cè)定中鑒定修飾的堿基和核苷酸序列
將基本修改記錄為標(biāo)準(zhǔn)-準(zhǔn)備就緒時(shí)進(jìn)行分析
使用無(wú)PCR的全基因組，全轉(zhuǎn)錄組或靶向測(cè)序方法
使用核苷酸類似物探索基因組復(fù)制
快速的10分鐘文庫(kù)制備（DNA）-不需要亞硫酸氫鹽或化學(xué)轉(zhuǎn)化
使用越來(lái)越多的工具來(lái)分析數(shù)據(jù)

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