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技術(shù)文章
士鋒生物如何確定引物（含修飾）的分子量
點擊次數(shù)：847 發(fā)布時間：2013-11-14
引物（含修飾）的分子量是如何確定的?
非修飾的引物的molecular Weight在隨引物提供的報告單上都有明確的標示。如果需要估計一個引物的分子量按每個堿基的平均分子量為324.5，引物的分子量=堿基數(shù) x 堿基的平均分子量?；虬聪铝泄接嬎鉓W= （NA * WA） + （NC * WC） + （NG * WG） + （NT * WT） +（Nmod * Wmod） +（Nx * ）+（ Ni* Wi） +16* Ns– 62.
NA, NG, NC, NT, Ni分別為引物中堿基A或G或C或T或I的數(shù)量，WA, WC, WG, W, Wi分別為引物中堿基A或G或C或T或I的分子量，Nmod，Wmod 分別為修飾基團的數(shù)目和分子量。
對于混合堿基的分子量為混合堿基的分子量總合除以混合數(shù)，例如G+A混合的分子量為（313.21+329.21）/2 = 321.21。Ns為硫代數(shù)目，硫代每個位置增加分子量16。
常規(guī)堿基分子量
| Base | Molecular Weight |
| A | 313.21 |
| C | 289.18 |
| G | 329.21 |
| T | 304.19 |
| I | 314.2 |
| U | 290.17 |
常規(guī)修飾基團分子量
| 5’-Biotin | 405.45 | 3’-TAMARA | 623.60 |
| 5’-（6 FAM） | 537.46 | 3’-Dabsyl | 498.49 |
| 5’-HEX | 744.13 | 3’-（6 FAM） | 569.46 |
| 5’-TET | 675.24 | 3’-Amino Modifier C3 | 153.07 |
| 5’-Cy5 | 533.63 | 3’-Amino Modifier C7 | 209.18 |
| 5’-Cy3 | 507.59 | 3’-Thiol Modifier C3 | 154.12 |