翌圣生物科技（上海）股份有限公司

初級會員·13年

聯(lián)系電話

400-6111-883

您現(xiàn)在的位置：首頁> 技術文章 > 翌圣&華大共發(fā)布中華家系一號全自動化轉錄組測序數(shù)據(jù)

產(chǎn)品分類品牌

耗材

翌圣生物科技（上海）股份有限

初級會員·13年

聯(lián)系人：: 曹女士

電話：: 400-6111-883

手機：

售后：: 4006-111-883

傳真：: 86-21-34615995

地址：: 上海市浦東新區(qū)天雄路166弄1號3樓

網(wǎng)址：: www.yeasen.com

在線咨詢給我留言

掃一掃訪問手機商鋪

翌圣&華大共發(fā)布中華家系一號全自動化轉錄組測序數(shù)據(jù)

2023-8-1　　閱讀(219)

翌圣&華大共發(fā)布中華家系一號全自動化轉錄組測序數(shù)據(jù)

自動化建庫

當前，高通量測序已成為生命科學領域最有力的工具，極大促進了腫瘤、遺傳病和病原等領域的發(fā)展。高通量測序中的建庫操作仍存在流程繁瑣、人力資源依賴程度高、自動化程度低等問題，限制了其在臨床轉化上的應用。為促進生產(chǎn)轉型和臨床應用，高效穩(wěn)定的自動化建庫方案是必由之路。

轉錄組測序

轉錄組測序（transcriptome sequencing）已經(jīng)成為轉錄組研究的主要方法，可以全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉錄本序列信息，進而計算不同基因或轉錄本表達量、發(fā)現(xiàn)新的轉錄本、識別差異表達基因、分析可變剪切位點、檢測融合基因等。

圖1. 轉錄組測序流程（網(wǎng)圖，侵刪）

RNA標準品-衡量RNA建庫質量

中華家系1號全轉錄組RNA標準物質（GBW09904，GBW09905，GBW09906，GBW09907）是我國獲批的組學標準物質，在生命科學領域開創(chuàng)了一種全新的標準物質研制模式。中華家系1號標準物質建立了生命測量的基準，在此基礎上建立從組學數(shù)據(jù)產(chǎn)生到分析全過程的標準規(guī)范與質量控制體系，才能確保組學數(shù)據(jù)的質量和研究結果的可靠性。

圖2.中華家系1號全轉錄組RNA標準物質

全國科研與臨床實驗室轉錄組測序室間質評

室間質量評價預研活動旨在綜合評估參評實驗室轉錄組測序檢測和分析結果的準確性和一致性，促進轉錄組學在科學研究中的可重復性和臨床診療中的有效性。質評樣本制備的原料來源包括人基因表達通用參考RNA、人腦組織來源參考 RNA、ERCC RNA內參混合物和中華家系1號人源B淋巴細胞系全轉錄組RNA標準物質。

翌圣生物聯(lián)合華大智造，參考了國家衛(wèi)健委臨檢中心組織的全國轉錄組室間質評方案，發(fā)布了中華家系1號標準品轉錄組自動化測試數(shù)據(jù)。

測試方案

※測試樣本：中華家系1號RNA標準品（Quartet RNA）D5、 D6 、F7、 M8，且三次平行重復；

※建庫試劑盒：Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit（Cat#12309ES）；

※自動化平臺：MGISP-960自動化平臺；

※測序平臺：DNBSEQ-G99。

12309ES兼容 Illumina 和 MGI 雙平臺以及雙模式 mRNA 建庫試劑盒

圖3.mRNA 建庫試劑盒流程原理圖

結果展示

MGISP-960自動化建庫與手動建庫文庫濃度

4個中華家系一號RNA標準品D5、D6、F7、M8樣本，每個樣本3次重復，同時采用MGISP-960自動化平臺建庫和手動建庫，自動化建庫與手動建庫均具備高度均一的文庫產(chǎn)量。

圖4.自動化建庫與手動建庫文庫濃度對比

MGISP-960自動化建庫RNA-seq數(shù)據(jù)與中華家系一號的參考數(shù)據(jù)集對比

數(shù)據(jù)質量綜合評分

12309ES測序數(shù)據(jù)對比到中華家系一號的參考數(shù)據(jù)集，以分值來代表SNR和RC的綜合水平。

Great！12309ES的數(shù)據(jù)質量評分高達9.733

數(shù)據(jù)評價結果

基因counts、表達譜數(shù)據(jù)質量評價結果：每組樣本包含 3 個技術重復，SNR為31.1，基因表達量結果在技術重復之間具有非常好的可重復性。

圖5.樣本表達譜數(shù)據(jù) PCA 分析結果

基于標準物質參考數(shù)據(jù)集的基因表達差異倍數(shù)的準確性評價結果：12309ES的測序結果與中華家系 1 號全轉錄組 RNA 標準物質標準參考數(shù)據(jù)集差異分析，Pearson相關系數(shù)＞0.94，基因定量水平具有高準確性。

圖6.基因表達差異倍數(shù)與參考數(shù)據(jù)集一致性分析結果

MGISP-960自動化建庫RNA-seq數(shù)據(jù)的post alignment分析

D5、D6、F7、M84個RNA標準品采用12309ES于MGISP-960進行自動化轉錄組建庫，測序結果post alignment分析，GC含量均分布在49%-50%之間、exonic%＞79%、intronic%＜18.5%、intergnic%＜2.5%，文庫插入片段組分在270bp-300 bp之間，rRNA的占比＜1.3%，兼具的QC指標。

表1：post alignment分析的基本QC指標

圖7.rRNA殘留的占比

產(chǎn)品推薦

產(chǎn)品名稱	產(chǎn)品貨號	產(chǎn)品應用
Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit	12309ES	mRNA建庫
Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version)	12310ES	total RNA建庫
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V2	12195ES	酶切法建庫
Hieff NGS® DNA Library Prep Kit	13577ES	機械法建庫
Hieff NGS® DNA selection Beads（Superior Ampure XP alternative）	12601ES	DNA純化磁珠
1×dsDNA HSAssay Kit	12642ES	雙鏈DNA（dsDNA）定量