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隨著生物技術(shù)的發(fā)展，PCR儀已經(jīng)發(fā)展為實(shí)驗(yàn)室通用儀器。一般把一次PCR擴(kuò)增只能運(yùn)行一個特定退火溫度的PCR儀，稱之為普通PCR儀。一次性PCR擴(kuò)增可以設(shè)置一系列不同的退火溫度條件（通常12種溫度梯度）的稱之為梯度PCR儀。因?yàn)楸粩U(kuò)增的不同的DNApian段其的退火溫度不同，通過設(shè)置一系列的梯度退火溫度進(jìn)行擴(kuò)增，從而一次性PCR擴(kuò)增就可以篩選出表達(dá)量高的退火溫度進(jìn)行有效的擴(kuò)增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴(kuò)增。
對梯度PCR儀來說，溫度控制指標(biāo)主要是指溫度的準(zhǔn)確性、均一性、以及升降溫速度。
1、溫度的準(zhǔn)確性：是指樣品孔溫度與設(shè)定溫度的一致性，它直接關(guān)系到實(shí)驗(yàn)的成敗。由于PCR是一個幾何級數(shù)擴(kuò)增的過程，不論是變性、退火還是延伸都需要準(zhǔn)確控制溫度，對退火溫度而言溫控顯的尤為重要，有時1°甚至0.5°的差異也能決定實(shí)驗(yàn)的成功與失敗，所謂差之毫厘，謬之千里。因而對PCR擴(kuò)增儀而言溫度控制就意味著質(zhì)量。
2、溫度的均一性：是指樣品孔間的溫度差異，它關(guān)系到在不同樣品孔進(jìn)行反應(yīng)結(jié)果的一致性。有用戶發(fā)現(xiàn)用同樣的樣品，同樣的PCR反應(yīng)程序，zui后的結(jié)果竟然差異非常明顯，或許就是因?yàn)椴煌恢玫臏囟炔痪鶆蛩?。同時位置邊緣效應(yīng)對PCR實(shí)驗(yàn)可重復(fù)性影響非常明顯。
3、升降溫速率：更快的升降溫速度，可以縮短反應(yīng)進(jìn)行的時間，而且縮短了可能的非特異性結(jié)合、反應(yīng)的時間，能提高PCR反應(yīng)的特異性。
