臨床上阪崎腸桿菌主要污染來源于醫(yī)療環(huán)境和醫(yī)療器械。針對醫(yī)療環(huán)境和醫(yī)療器械，醫(yī)院首先應建立一套完善的制度和詳細的操作規(guī)程，對醫(yī)院環(huán)境、醫(yī)療器械和材料的清潔、消毒或滅菌流程和方法等，進行詳細地規(guī)定。對于醫(yī)護人員的個人衛(wèi)生要求、操作流程都要有統(tǒng)一的、規(guī)范的管理，盡可能降低各環(huán)節(jié)污染的風險。
對于在嬰幼兒食品中的阪崎腸桿菌的污染，應該從嬰幼兒食品的源頭、加工過程以及包裝材料等環(huán)節(jié)控制該菌的污染。首先我們應該加強嬰幼兒食品原料的污染防控，對原料要進行嚴格的消毒和檢驗，可根據(jù)國標GB4789.40—2016檢驗食品中阪崎腸桿菌，分離菌種時選用上HiMedia公司生產的阪崎腸桿菌顯色培養(yǎng)基（貨號：MV1577），對被污染的原料，要及時進行處理，不可進入生產車間，以免對其它原料造成污染。
其次在加工過程中對各個環(huán)節(jié)進行嚴格消毒，如對操作人員的口、手、足、頭、鞋、工作服、帽等，都要做好衛(wèi)生工作。同時通過加工過程中的巴氏殺菌、超高溫殺菌或其他高溫工藝*的殺滅該菌。
要防止阪崎腸桿菌的污染，在生產過程中還應當建立并嚴格執(zhí)行行之有效的危害分析和關鍵控制點質量管理系統(tǒng)。還有要對包裝材料進行有效的消毒，生產及包裝的整個車間的環(huán)境要定期進行消毒。
另外，在嬰幼兒喂養(yǎng)的環(huán)節(jié)上，由于家庭中也具有感染阪崎腸桿菌的風險，建議盛裝奶粉用的瓶子和其它喂養(yǎng)用具要*地清洗和消毒。此外，母乳喂養(yǎng)也是降低新生兒感染阪崎腸桿菌風險的有效手段之一。
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