單細(xì)胞基因表達(dá)分析是一種快速分析基因表達(dá)信息的技術(shù)，它通過(guò)快速和詳細(xì)分析成千上萬(wàn)個(gè)表達(dá)序列標(biāo)簽來(lái)尋找出表達(dá)豐度不同的SAGE標(biāo)簽序列，從而接近完整地獲得基因組表達(dá)信息。

   單細(xì)胞基因表達(dá)分析技術(shù)與基因芯片一起為目前兩種常見(jiàn)的基因表達(dá)譜研究方法。隨著第三代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，通過(guò)構(gòu)建cDNA文庫(kù)，然后利用第二代測(cè)序技術(shù)的高通量?jī)?yōu)勢(shì)對(duì)mRNA文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序，進(jìn)而進(jìn)行基因表達(dá)譜分析的方法在基因表達(dá)譜研究中占有越來(lái)越重要的地位。

   單細(xì)胞基因表達(dá)分析又稱定量即時(shí)聚合酶鏈鎖反應(yīng)，是一種在DNA擴(kuò)增反應(yīng)中，以螢光染劑偵測(cè)每次聚合酶鏈鎖反應(yīng)（PCR）循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法技術(shù)，有廣義概念和狹義概念。單細(xì)胞基因表達(dá)分析通過(guò)對(duì)PCR終產(chǎn) 物的分析或PCR過(guò)程的監(jiān)測(cè)，進(jìn)行PCR起始模板量的定量，用外標(biāo)法（熒光雜交探針保證特異性）通過(guò)監(jiān)測(cè)PCR過(guò)程（監(jiān)測(cè)擴(kuò)增效率）達(dá)到定量起始模板數(shù)的目的，同時(shí)以內(nèi)對(duì)照有效排除假陰性結(jié)果（擴(kuò)增效率為零） 。

   觀察到的數(shù)據(jù)是抽樣過(guò)程中產(chǎn)生的離散形式，也就是說(shuō)總體是恒定的，表達(dá)量越高的基因在抽樣結(jié)果中所占的比例越大。單細(xì)胞基因表達(dá)分析表達(dá)量低的基因可能即便有也無(wú)法被檢測(cè)出來(lái)。當(dāng)然，重新對(duì)相同文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序，還是有可能找到更多表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本。