單細胞全轉(zhuǎn)錄組技術(shù)是在單細胞水平對全轉(zhuǎn)錄組進行擴增與測序的一項新技術(shù)。其原理是將分離的單個細胞的微量全轉(zhuǎn)錄組RNA進行擴增后進行高通量測序。

　　對單個細胞轉(zhuǎn)錄組的分析由Brady等和Eberwine等分別利用基于PCR技術(shù)的對單個細胞cDNA的指數(shù)擴增和基于T7RNA連接酶體外轉(zhuǎn)錄(invitrotranscription)的線性擴增進行了初步的探索。2006年，Kurimoto等改進了單細胞cDNA擴增方法，將定向的PCR擴增與線性擴增相結(jié)合，對單個ESC進行了單細胞cDNAmicroarray分析，在高覆蓋率和準確性的前提下，使基因表達的代表性和再現(xiàn)性都有了明顯的提高。而隨著測序技術(shù)的發(fā)展，Tang等將單細胞cDNA擴增技術(shù)和新一代測序技術(shù)相結(jié)合而*創(chuàng)立的單細胞RNA測序分析應用于單個小鼠的卵裂球，終發(fā)現(xiàn)了芯片未檢測到的5200多個基因和1800個可變剪切點。

　　相比而言，單細胞cDNAmicroarray分析技術(shù)成熟，成本低廉，尤其適用于分析已知基因上調(diào)或下調(diào)的一般轉(zhuǎn)錄信息，但是該系統(tǒng)相對比較封閉，對于未知基因的檢測無能為力，并且不能提供mRNA的確切長度和序列;

　　而單細胞RNA測序則是一個開放的系統(tǒng)，能夠提供更加詳細和準確的轉(zhuǎn)錄信息，尤其可對未知基因的轉(zhuǎn)錄進行檢測，但是該方法價格昂貴，并且對于結(jié)果的分析需要強大的計算機系統(tǒng)提供保障。

　　哈佛大學謝曉亮院士推出基于MALBAC技術(shù)的單細胞轉(zhuǎn)錄組擴增技術(shù)，可以對單個細胞、單條染色體或者0.5皮克的RNA進行高保真擴增，并且已經(jīng)進行了商業(yè)化運作。

　　發(fā)展的單分子測序技術(shù)無需逆轉(zhuǎn)錄酶和擴增步驟，但測序錯誤率高。我們相信隨著技術(shù)發(fā)展這些局限性會逐步優(yōu)化和改進。