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主要有三類方法：

1、 單克隆環(huán)法：此類方法多用于整合率低的轉(zhuǎn)染方法或者需要得到單克隆細(xì)胞株的實驗。其優(yōu)點在于工作量小，只需將轉(zhuǎn)染或者病毒載體感染后的細(xì)胞按照一定的細(xì)胞密度轉(zhuǎn)移至新皿中，并使用合適的藥物進(jìn)行篩選，最后在克隆環(huán)的幫助下對單克隆細(xì)胞株進(jìn)行挑選，并在新皿中完成擴增。

缺點在于需要對細(xì)胞密度和藥物濃度繪制致死曲線并選取合適的細(xì)胞密度和藥物濃度進(jìn)行篩選，一些細(xì)小的密度和濃度差別都會導(dǎo)致難以獲取均一的單克隆，結(jié)果導(dǎo)致獲取的克隆不純，含有非整合的細(xì)胞。穩(wěn)定整合的細(xì)胞在這樣一類混合細(xì)胞中，很快會失去生長優(yōu)勢，最終導(dǎo)致失去穩(wěn)定株。

2、 96孔單克隆稀釋法：此類方法同樣多用于整合率低的轉(zhuǎn)染方法或者需要得到單克隆細(xì)胞株以及篩選懸浮細(xì)胞穩(wěn)定株的實驗。其優(yōu)點在于，理論上可以得到非常均一的單克隆，同時可以篩選懸浮細(xì)胞穩(wěn)定株。其缺點在于，工作量比較大。

3、 逆轉(zhuǎn)錄病毒混合克隆制備法：此類方法適用于需要制備混合穩(wěn)定株。

優(yōu)點在于可以在短時間內(nèi)(1周)獲得穩(wěn)定細(xì)胞株，同時也可以隨時將細(xì)胞稀釋轉(zhuǎn)移至新皿中獲得單克隆細(xì)胞株。缺點在于需要制備逆轉(zhuǎn)錄病毒載體。