EO可用于不耐高溫、不耐濕物品的滅絕，被認為是一種滅菌效果較好的化學滅菌劑，可殺死所有微生物包括細菌以及芽孢。EO 具有*的穿透性，可用以各種難通透部位的滅菌，如有些較細、較長的導管用其他低溫滅菌方法很難達到滅菌效果，而只能選擇EO或者輻照。
 EO 滅菌對物品的損害也較小，滅菌是利用烷基化原理而非氧化過程，對不耐熱的材料及設備有著非常廣泛的應用前景。采用EO 滅菌時，可以用各種包裹材料包裹，便于儲存、運輸，打開包裝即可使用避免了交叉污染的危險，并且在滅菌過程中，有標準的化學、生物監(jiān)測手段，從而可以有效的控制滅菌質量。

EO滅菌生物監(jiān)測的常用方法：生物負載法和過度滅菌法。
  一般情況下，EO 滅菌微生物性能確認均采用生物指示劑(BI，枯草桿菌芽孢)。進行微生物學性能驗證的產品，應采用與其常規(guī)滅菌相同的包裝，生物指示物應放置在被滅菌物品中最難滅菌的部位，并在預處理前就放入選定部位，且在整個滅菌周期保持該位置。
  生物指示物監(jiān)測點的數(shù)量應能驗證滅菌器內全部被滅菌物品的微生物滅活，通常滅菌室體積≤10m3時，驗證時至少設置體積V×3 個檢測點，但不少于5 個，日常監(jiān)測至少設置V×1.5 個檢測點，但不少于5 個。
  滅菌室體積在>10m3時，驗證時至少設置體積30＋(V-10)×3 個檢測點，日常監(jiān)測至少設置15+(V-10)×1.5 個檢測點。這里還涉及到溫濕度探頭的數(shù)量等要求，不同體積的滅菌器有不同的要求，可查閱ISO 11135-1:2007 附錄C。
  由于環(huán)氧乙烷滅菌不存在通用的經典滅菌參數(shù)，影響滅菌效果的因素多且相互關聯(lián)，滅菌過程控制復雜，所以為了保證滅菌效果，對其滅菌過程進行嚴格的驗證是必要的。此外，若滅菌設備、被滅菌物品和裝載方式任何一個因素改變時，都需要重新進行驗證。