溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此，在調節(jié)流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩。
特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變?yōu)槿渴撬粗嗳弧?/div>
3、一般說來色譜柱不能反沖
只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質。否則反沖會迅速降低柱效。
4、選擇使用適宜的流動相(尤其是pH)，以避免固定相被破壞。
有時可以在進樣器前面連接一預柱，分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。
5、經常用強溶劑沖洗色譜柱，清除保留在柱內的雜質。
在進行清洗時，對流路系統(tǒng)中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右。
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