SIM Bridge：SIM Bridge 工具允許將從其它源導出的 SIM 方法轉(zhuǎn)換為 TSQ 9000 系統(tǒng)方法。這些 SIM 方法可立即在 TSQ 9000 系統(tǒng)上運行，或通過 AutoSRM 將 SIM 信息轉(zhuǎn)換為功能強大的 SRM 方法。
AutoSRM：AutoSRM 是您專屬的系統(tǒng)集成質(zhì)譜方法開發(fā)專家。該軟件以非常簡單高效的工作流程指引您開發(fā)出優(yōu)化的 SIM 目標離子或 SRM 離子對。如果您希望從當前的 SIM 方法進行開發(fā)，SIM Bridge 可通過導入方法詳細信息來簡化工作流程。總之，系統(tǒng)具備完整的 MS 和 MS/MS 方法開發(fā)獨立性，即使對于經(jīng)驗較少的用戶也是如此。
Timed-SRM 方法：隨著更多化合物被添加到單次運行方法中，管理采集窗口變得越來越復雜。TSQ 9000 系統(tǒng)通過自動優(yōu)化特定化合物的目標離子顯著降低這種復雜性。只需簡單輸入保留時間和采集窗口，t-SRM 就會負責其余工作。確保達到化合物檢測的條件以獲得大靈敏度，并且可以將更多的化合物添加到該方法中，而不會損失每種分析物的優(yōu)異靈敏度。在這些化合物沒有洗脫時，質(zhì)譜儀不損耗任何有價值的離子源掃描。
保留時間校準（RTA）技術：新型 RTA 工具是一種更快、更靈活、更簡單的方法，可在日常進行高通量 GC-MS 分析時維持保留時間穩(wěn)定。該工具使用測量的色譜柱死時間和參比物質(zhì)的保留時間來提供新的色譜柱長度和內(nèi)徑參數(shù)（或校正的壓力或流量值），以重新校準色譜圖所有峰的保留時間。 這意味著在更換或切割色譜柱時，用戶可以快速調(diào)整其保留時間并反饋到采集結(jié)果。
SmartTune：SmartTune 是用于 Thermo Scientific ISQ 和 TSQ 儀器的新型簡化調(diào)諧工具。這種直觀的工具可使調(diào)諧不再復雜，并確保您的系統(tǒng)在運行樣品之前達到您所需的性能狀態(tài)。簡單的操作界面可以進行有效的檢查和調(diào)諧，智能地省略過程中的任何不必要步驟，從而實現(xiàn)更快的調(diào)諧操作。如果檢查發(fā)現(xiàn)了問題，SmartTune 會向您推薦糾正措施。此外，SmartTune 允許用戶定制目標，以保證分析序列之間的性能一致性。
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