（1） 根據(jù)分子大小不同的分離方法：透析和超過濾（利用蛋白質(zhì)分子不能通過半透膜的性質(zhì)）；密度梯度離心（蛋白質(zhì)在介質(zhì)中離心時質(zhì)量和密度較大的顆粒沉降較快）；凝膠過濾（一種柱層析）
（2） 利用溶解度差別分離：等電點(diǎn)沉淀法（由于蛋白質(zhì)分子在等電點(diǎn)時凈電荷為零，減少了分子間靜電斥力，因而容易聚集沉淀，此時溶解度小）；鹽溶與鹽析（利用一定濃度鹽溶液增大或減小蛋白質(zhì)的溶解度）
（3） 根據(jù)電荷不同的分離方法，主要包括電泳和離子交換層析分離；
（4） 蛋白質(zhì)的選擇吸附分離（利用顆粒吸附力的強(qiáng)弱不同達(dá)到分離目的）
（5） 根據(jù)配體特性的分離——親和層析（利用蛋白質(zhì)分子與另一種稱為配體的分子能夠特異而非共價地結(jié)合這一生物性質(zhì)）
(6)　低溫有機(jī)溶劑沉淀法: 用與水可混溶的有機(jī)溶劑，甲醇，乙醇或丙酮，可使多數(shù)蛋白質(zhì)溶解度降低并析出，此法分辨力比鹽析高，但蛋白質(zhì)較易變性，應(yīng)在低溫下進(jìn)行。