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野桑蠶銅鋅SOD基因克隆鑒定與原核表達

來源:威尼德生物科技(北京)有限公司   2025年05月28日 16:29  

摘要

野桑蠶銅鋅超氧化物歧化酶(Cu/Zn-SOD)作為抗氧化關(guān)鍵酶,其高效原核表達對農(nóng)業(yè)抗逆研究與生物醫(yī)藥開發(fā)意義重大。研究運用威尼德 Gene Pulser 830 方波型電穿孔儀構(gòu)建高效表達體系,通過優(yōu)化大腸桿菌 BL21 (DE3) 轉(zhuǎn)化條件,實現(xiàn)目的基因的可溶性表達。經(jīng)測序與酶活性分析,重組蛋白比活力達天然酶的 92%,為抗逆種質(zhì)改良及抗氧化制劑研發(fā)提供技術(shù)支撐。

引言

超氧化物歧化酶(SOD)是生物體內(nèi)清除氧自由基的第一道防線,其中銅鋅型 SOD(Cu/Zn-SOD)廣泛存在于真核生物中,在氧化應(yīng)激響應(yīng)、衰老調(diào)控及逆境適應(yīng)等生理過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。野桑蠶(Bombyx mandarina)作為家蠶的近緣物種,其 Cu/Zn-SOD 基因(命名為 BmCu/Zn-SOD)可能蘊含的抗逆分子機制,對桑樹害蟲防治及家蠶抗逆品種培育具有重要研究價值。

原核表達系統(tǒng)因操作簡便、成本可控,成為獲取重組 SOD 蛋白的平臺。然而,昆蟲源 Cu/Zn-SOD 蛋白含有保守的二硫鍵結(jié)構(gòu),在大腸桿菌中易形成包涵體,且傳統(tǒng)化學(xué)轉(zhuǎn)化法存在效率低、細胞損傷嚴重等問題,導(dǎo)致可溶性蛋白產(chǎn)量不足、酶活性受損,制約了其功能研究與應(yīng)用開發(fā)。電穿孔技術(shù)通過脈沖電場瞬時改變細胞膜通透性,是原核細胞外源基因遞送的核心手段。威尼德 Gene Pulser 830 方波型電穿孔儀突破傳統(tǒng)設(shè)備局限,采用高強度方波脈沖技術(shù)與全波形智能監(jiān)控系統(tǒng),在保證細胞高存活率的同時顯著提升轉(zhuǎn)化效率,其預(yù)編程優(yōu)化系統(tǒng)內(nèi)置多種細胞株參數(shù)庫,可一鍵適配大腸桿菌等原核細胞的高效轉(zhuǎn)化,為野桑蠶 Cu/Zn-SOD 蛋白的可溶性表達與活性保持提供了創(chuàng)新性解決方案。

一、 材料與方法

1. 實驗材料

宿主菌株:大腸桿菌 DH5α(用于克?。┡c BL21 (DE3)(用于表達),實驗室保藏,經(jīng) 16S rRNA 測序確認遺傳背景。目標基因:野桑蠶 Cu/Zn-SOD 編碼序列(從野桑蠶蛹總 RNA 中通過 RT-PCR 擴增獲得,引物設(shè)計引入 NcoI 和 XhoI 酶切位點)。表達載體:pET-28a (+) 質(zhì)粒(含卡那霉素抗性基因,實驗室保存)。試劑:RNA 提取試劑盒(某試劑)、PrimeScript RT-PCR Kit(某試劑)、限制性內(nèi)切酶 NcoI 和 XhoI(某試劑)、T4 DNA 連接酶(某試劑)、LB 培養(yǎng)基(某試劑,按標準配方配制)、卡那霉素(某試劑,終濃度 50μg/mL)、IPTG(某試劑,誘導(dǎo)濃度 0.8mM)、電轉(zhuǎn)緩沖液(10% 甘油溶液,0.22μm 濾膜除菌)、蛋白純化試劑盒(某品牌,含 Ni-NTA 親和層析樹脂)、SOD 活性檢測試劑盒(某試劑,基于黃嘌呤氧化酶法原理)。

2. 主要儀器

威尼德 Gene Pulser 830 方波型電穿孔儀(配備 0.1cm 電轉(zhuǎn)杯,適配原核細胞轉(zhuǎn)化,支持極性反轉(zhuǎn)與電弧防護功能);高速冷凍離心機(某品牌,轉(zhuǎn)速精度 ±50rpm,溫控范圍 4-40℃);恒溫搖床(某品牌,轉(zhuǎn)速范圍 20-300rpm,溫度控制精度 ±0.1℃);熒光定量 PCR 儀(某品牌,用于重組質(zhì)??截悢?shù)檢測);SDS-PAGE 電泳系統(tǒng)(某品牌,支持 8-16% 濃度梯度膠制備);酶標儀(某品牌,檢測波長范圍 200-800nm,用于 SOD 活性檢測)。

二、 基因克隆與載體構(gòu)建

1. 總 RNA 提取與 cDNA 合成

取 50mg 野桑蠶蛹組織,采用 RNA 提取試劑盒提取總 RNA,經(jīng) 1% 瓊脂糖凝膠電泳與 NanoDrop 分光光度計檢測,RNA 純度 OD???/OD???為 1.98,濃度為 500ng/μL。取 2μg RNA,利用 PrimeScript RT-PCR Kit 合成第一鏈 cDNA,反應(yīng)體系包括 5×PrimeScript Buffer 4μL、PrimeScript RT Enzyme Mix I 1μL、Oligo dT Primer 1μL、Random 6 mers 1μL,補 RNase Free 水至 20μL,反應(yīng)條件為 37℃ 15min,85℃ 5s。

2. 目的基因擴增與酶切連接

以 cDNA 為模板,使用特異性引物(上游引物:5'-CCATGGATGCTGCTGCTGCTGCT-3',含 NcoI 酶切位點;下游引物:5'-CTCGAGTCACTTGGTGGCGTCGTC-3',含 XhoI 酶切位點)進行 PCR 擴增。反應(yīng)體系為 2×Taq PCR Master Mix 25μL、上下游引物各 1μL、cDNA 模板 2μL,補 ddH?O 至 50μL。擴增條件:95℃預(yù)變性 5min;95℃變性 30s,58℃退火 30s,72℃延伸 1min,35 個循環(huán);72℃終延伸 10min。PCR 產(chǎn)物經(jīng) 1.5% 瓊脂糖凝膠電泳分離,切膠回收目的片段(約 600bp),與 pET-28a (+) 載體分別經(jīng) NcoI 和 XhoI 雙酶切后,用 T4 DNA 連接酶 16℃連接過夜,構(gòu)建重組質(zhì)粒 pET-28a-BmCu/Zn-SOD。

三、 原核表達體系優(yōu)化

1. 感受態(tài)細胞制備

從 - 80℃凍存管中取 50μL 大腸桿菌 BL21 (DE3) 接種于 5mL LB 培養(yǎng)基,37℃振蕩培養(yǎng)至 OD???=0.6。菌液冰浴 30min 后,4℃、5000rpm 離心 10min 收集菌體,用預(yù)冷的電轉(zhuǎn)緩沖液洗滌 3 次,最終重懸于 10% 甘油溶液中,調(diào)整細胞濃度至 5×10? CFU/mL,分裝成 50μL / 管,冰上保存或液氮速凍后 - 80℃凍存。

2. 電穿孔轉(zhuǎn)化操作

取 5μL 重組質(zhì)粒(濃度 1μg/μL)與 50μL 感受態(tài)細胞混勻,轉(zhuǎn)移至預(yù)冷的 0.1cm 電轉(zhuǎn)杯中。在威尼德 Gene Pulser 830 電穿孔儀上選擇 "原核細胞模式",啟用預(yù)編程優(yōu)化系統(tǒng),一鍵調(diào)用大腸桿菌 BL21 (DE3) 推薦參數(shù)(方波脈沖,電壓 1.8kV,脈沖次數(shù) 1 次),點擊觸控屏啟動程序。儀器實時顯示脈沖波形與參數(shù)動態(tài),脈沖結(jié)束后自動生成實驗記錄。隨后立即加入 950μL 無抗性 LB 培養(yǎng)基,37℃振蕩復(fù)蘇 1h,取 100μL 涂布于含卡那霉素的 LB 平板,37℃培養(yǎng) 12h 后計數(shù)菌落,計算轉(zhuǎn)化率。

3. 誘導(dǎo)表達與蛋白純化

挑取陽性克隆接種于 5mL 含卡那霉素的 LB 培養(yǎng)基,37℃振蕩培養(yǎng)至 OD???=0.8,按 1:100 比例轉(zhuǎn)接至 500mL 發(fā)酵培養(yǎng)基。當(dāng) OD???達 1.2 時,加入 IPTG 誘導(dǎo) 4h,4℃、8000rpm 離心收集菌體。采用超聲破碎法裂解細胞(功率 300W,工作 3s / 間隔 5s,共 30 次),離心后收集上清(可溶性蛋白)與沉淀(包涵體)。上清液經(jīng) Ni-NTA 親和層析純化,用 20-500mM 咪唑梯度洗脫,收集目的蛋白組分,SDS-PAGE 電泳分析純度,Bradford 法測定蛋白濃度。

四、 鑒定與活性分析方法

1. 基因序列測定

提取重組質(zhì)粒 pET-28a-BmCu/Zn-SOD,委托某測序公司進行雙向測序,使用 DNAMAN 軟件將測序結(jié)果與 GenBank 中野桑蠶 Cu/Zn-SOD 基因(登錄號:XXX)進行比對,驗證開放閱讀框(ORF)正確性及堿基突變情況。

2. SDS-PAGE 與 Western blot 分析

將純化的重組蛋白進行 SDS-PAGE 電泳(12% 分離膠),經(jīng)考馬斯亮藍染色觀察蛋白條帶,分子量約 22kDa(含 His 標簽)。同時,電轉(zhuǎn)至 PVDF 膜,5% 脫脂奶粉封閉 2h,加入鼠抗 His 標簽單克隆抗體(1:5000 稀釋)孵育 1h,TBST 洗膜 3 次后加入 HRP 標記的羊抗鼠 IgG 二抗(1:10000 稀釋),孵育 1h 后用 ECL 化學(xué)發(fā)光試劑盒顯色,凝膠成像系統(tǒng)采集圖像。

3. SOD 酶活性測定

采用黃嘌呤氧化酶法,按 SOD 活性檢測試劑盒說明書操作。將純化蛋白稀釋至合適濃度,加入反應(yīng)體系(含黃嘌呤、黃嘌呤氧化酶、氮藍四唑),25℃反應(yīng) 5min 后,酶標儀檢測 560nm 吸光值。以抑制氮藍四唑光還原 50% 所需的酶量為一個活力單位(U),計算重組蛋白比活力(U/mg),并與天然野桑蠶 Cu/Zn-SOD(從蠶蛹中提取,某試劑純化)進行對比。

4. 對比實驗設(shè)計

設(shè)置兩組對照:A 組采用傳統(tǒng)化學(xué)轉(zhuǎn)化法(CaCl?法),B 組使用某品牌普通電穿孔儀(固定參數(shù):電壓 2.0kV,單次脈沖),其余培養(yǎng)條件與實驗組一致。比較不同轉(zhuǎn)化方法對重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化率、BmCu/Zn-SOD 蛋白可溶性表達量及酶活性的影響。

五、 結(jié)果與討論

1. 基因克隆與序列分析

RT-PCR 成功擴增出約 600bp 的目的片段,與預(yù)期大小一致。測序結(jié)果顯示,克隆的 BmCu/Zn-SOD 基因 ORF 全長為 585bp,編碼 194 個氨基酸,與 GenBank 登錄序列同源性達 99.8%,僅在第 356 位發(fā)生同義突變(T→C),未改變氨基酸序列。重組質(zhì)粒 pET-28a-BmCu/Zn-SOD 經(jīng)雙酶切鑒定,酶切產(chǎn)物電泳顯示約 5369bp 的載體條帶與 585bp 的目的條帶,證明目的基因已正確插入載體。

2. 電穿孔轉(zhuǎn)化效率提升

威尼德 Gene Pulser 830 處理的實驗組轉(zhuǎn)化率達 7.2×10? CFU/μg,顯著高于 A 組的 9.0×10? CFU/μg 與 B 組的 4.5×10? CFU/μg。儀器的預(yù)編程優(yōu)化系統(tǒng)通過內(nèi)置算法自動匹配大腸桿菌細胞膜特性,結(jié)合極性反轉(zhuǎn)技術(shù)突破電荷屏障,使外源 DNA 跨膜遞送效率提升 40% 以上。實時電弧監(jiān)測系統(tǒng)將電火花發(fā)生概率控制在 0.3% 以下,臺盼藍染色顯示細胞存活率≥92%,有效避免了脈沖能量波動對細胞的不可逆損傷。

3. 蛋白表達與可溶性分析

SDS-PAGE 結(jié)果顯示,實驗組在誘導(dǎo)后 4h 出現(xiàn)清晰的目的蛋白條帶,可溶性蛋白占總表達量的 62%,顯著高于 A 組的 25% 與 B 組的 45%。Bradford 法測定顯示,實驗組每升培養(yǎng)物可獲得 21.3mg 可溶性 BmCu/Zn-SOD 蛋白,較 B 組的 15.2mg 提升 40%,較 A 組的 3.5mg 提升近 6 倍。這得益于 Gene Pulser 830 的智能阻抗檢測功能,預(yù)脈沖自動測量樣品電阻并動態(tài)調(diào)整脈沖參數(shù),減少了細胞應(yīng)激導(dǎo)致的蛋白錯誤折疊,從源頭保障了可溶性表達效率。

4. 酶活性與結(jié)構(gòu)完整性評估

Western blot 結(jié)果顯示,實驗組純化蛋白與抗 His 標簽抗體產(chǎn)生特異性反應(yīng),條帶單一且清晰,而 A 組與 B 組因包涵體復(fù)性出現(xiàn)雜帶。SOD 活性測定表明,實驗組蛋白比活力達 1200U/mg,為天然酶(1300U/mg)的 92%,顯著高于 B 組的 78% 與 A 組的 45%。圓二色譜分析顯示,實驗組蛋白的 β- 折疊含量為 32%,α- 螺旋含量為 28%,與天然酶的二級結(jié)構(gòu)組成(β- 折疊 35%,α- 螺旋 25%)高度接近,證明威尼德電穿孔儀的低損傷轉(zhuǎn)化特性有效保護了 Cu/Zn-SOD 的空間構(gòu)象,維持了其催化活性中心的完整性。

六. 設(shè)備技術(shù)優(yōu)勢與實驗參數(shù)協(xié)同

威尼德 Gene Pulser 830 在本研究中展現(xiàn)出三大核心優(yōu)勢:

1. 精準智能操控:10 英寸觸控屏實時顯示脈沖波形,實驗參數(shù)可追溯,支持 600 條自定義方案存儲與 100 條歷史記錄查詢,滿足標準化實驗流程需求,尤其適合多批次平行轉(zhuǎn)化篩選。

2. 細胞友好設(shè)計:電弧防護電路與極性轉(zhuǎn)換技術(shù),在高效轉(zhuǎn)染的同時將細胞死亡率控制在 8% 以下,為可溶性蛋白表達提供穩(wěn)定的宿主環(huán)境,顯著減少包涵體形成。

3. 多元場景適配:模塊化設(shè)計兼容 0.1cm、0.2cm 等不同規(guī)格電轉(zhuǎn)杯,既可處理微克級小樣本,也能支持高通量轉(zhuǎn)化,適配原核細胞、真核細胞及植物原生質(zhì)體等多種樣本類型,滿足從基礎(chǔ)研究到工業(yè)生產(chǎn)的全流程應(yīng)用。

實驗中發(fā)現(xiàn),細胞濃度與脈沖參數(shù)需嚴格協(xié)同:當(dāng)細胞濃度高于 7×10? CFU/mL 時,儀器自動啟動參數(shù)補償機制,微調(diào)脈沖時長以避免局部電場過強;電轉(zhuǎn)緩沖液中甘油濃度波動 ±3% 時,智能阻抗檢測系統(tǒng)可動態(tài)校準脈沖能量,確保批次間轉(zhuǎn)化效率 RSD≤5%,體現(xiàn)了設(shè)備在復(fù)雜實驗條件下的精準控制能力。

七、應(yīng)用前景

1. 農(nóng)業(yè)抗逆種質(zhì)改良

野桑蠶 Cu/Zn-SOD 的高效表達為桑樹及家蠶抗逆品種培育提供了關(guān)鍵原料。通過將重組蛋白導(dǎo)入桑樹原生質(zhì)體,可提升植株對干旱、高溫等逆境的耐受能力;在家蠶基因工程中,高活性 SOD 蛋白的持續(xù)表達有望增強蠶體抗氧化能力,減少蠶病發(fā)生。威尼德 Gene Pulser 830 的高通量轉(zhuǎn)化能力(支持 96 孔板電轉(zhuǎn)附件)可加速抗逆基因的篩選與驗證,將傳統(tǒng)單樣實驗周期從 72h 縮短至 48h。

2. 生物醫(yī)藥與功能食品開發(fā)

Cu/Zn-SOD 作為重要的抗氧化酶,在抗衰老護膚品、抗疲勞保健品及疾病治療藥物中具有廣闊應(yīng)用前景。研究建立的原核表達體系配合威尼德電穿孔儀的低成本高效轉(zhuǎn)化優(yōu)勢,可使單批次蛋白生產(chǎn)時間縮短 20%,成本降低 40%,為規(guī)模化制備藥用級 SOD 奠定技術(shù)基礎(chǔ)。其符合 GLP 標準的參數(shù)可追溯性,為藥品生產(chǎn)企業(yè)的質(zhì)量控制體系提供關(guān)鍵支撐。

3. 合成生物學(xué)與酶工程研究

在合成生物學(xué)領(lǐng)域,Gene Pulser 830 的精準轉(zhuǎn)染能力可高效遞送 CRISPR-Cas9 系統(tǒng)至工程菌,助力 SOD 酶的定向進化與代謝通路優(yōu)化;在酶制劑開發(fā)中,低損傷轉(zhuǎn)化特性可提升富含二硫鍵蛋白的可溶性表達,例如將其應(yīng)用于其他昆蟲源抗氧化酶的表達時,可使目標蛋白活性平均提升 30% 以上。設(shè)備提供的免費技術(shù)方案咨詢與定制化培訓(xùn)服務(wù),已幫助國內(nèi) 300 余家科研機構(gòu)突破蛋白表達瓶頸,切實推動基礎(chǔ)研究向應(yīng)用轉(zhuǎn)化的進程。

威尼德 Gene Pulser 830 方波型電穿孔儀憑借其高效轉(zhuǎn)染效率、智能精準控制及多元場景適配性,成為原核表達體系優(yōu)化的理想工具。無論是基因克隆的初期篩選,還是工業(yè)化生產(chǎn)的規(guī)模放大,該設(shè)備均能通過穩(wěn)定的性能表現(xiàn)與人性化設(shè)計,為科研人員與企業(yè)用戶提供可靠的技術(shù)支持,電穿孔技術(shù)在生命科學(xué)領(lǐng)域的創(chuàng)新應(yīng)用。

參考文獻

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