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干貨滿滿！“紅外熱像技術(shù)在石化行業(yè)氣體檢測中的創(chuàng)新與應(yīng)用”線上會議報名開啟
10x中國區(qū)線上用戶會開幕倒計時，免費注冊參會，贏生信云分析?？ǎ?/h2>
年終歲末之際，回顧2021，10x Genomics公司推出了眾多新產(chǎn)品，如兼容FFPE樣本的Visium空間基因表達解決方案、超高通量單細胞測序儀Chromium X、CellPlex單細胞混樣產(chǎn)品、低通量單細胞基因表達LT產(chǎn)品等。截至目前，研究人員使用10x Genomics公司技術(shù)和產(chǎn)品發(fā)表的研究論文已經(jīng)超過了3000篇!
值得注意的是，國內(nèi)科研學者使用10x Genomics技術(shù)也已經(jīng)發(fā)表了300余篇高分文章。單細胞及空間多組學技術(shù)在科研及臨床轉(zhuǎn)化領(lǐng)域得到了廣泛應(yīng)用，中國科研人員使用10x單細胞及空間多組學產(chǎn)品在腫瘤、免疫、等不同領(lǐng)域如何應(yīng)用，10x公司明年又將帶來哪些新產(chǎn)品，2021年10x Genomics中國單細胞及空間多組學用戶峰會開幕在即，一年一度的學術(shù)盛會，今年我們相約云端，怡美通德攜手10x Genomics誠邀您共享饕餮盛宴，分享行業(yè)前沿，共話學術(shù)進展。
作為10x Genomics的代理商，我們特意為此次盛會準備了超多張單張價值668元的生信分析云?？ǎF(xiàn)在掃描下方二維碼免費注冊，參會即有機會獲得，還有更多驚喜大獎，抓緊注冊，祝您好運！
每張怡美通德生信云分析福卡包含500元基礎(chǔ)服務(wù)費（云平臺和10x分析軟件的使用咨詢和指導）和168元分析費用。每張福卡均為定制實體卡，包含不同的專屬賬號和密碼，收到實體卡后可按卡片上的操作說明激活使用。
關(guān)于云分析?？?/strong>
- 云分析功能特點
① 低使用門檻：幫助生信分析*使用者方便使用常用的單細胞生信分析軟件工具
② 可拓展：可隨時添加更多更新的生信軟件分析工具，自主建立分析流程
③ 無需硬件投入：無硬件投資，節(jié)省數(shù)十萬元服務(wù)器成本
④ 節(jié)省使用經(jīng)費：按需使用，靈活計費，經(jīng)濟實惠
⑤ 便于數(shù)據(jù)共享協(xié)同合作進行生信分析
⑥ 伴隨使用咨詢指導服務(wù)
⑦ 可選運算配置：CPU:1-128核，內(nèi)存可達1.5TG
⑧可選CPU 類型：Intel Xeon (Cascade Lake) Platinum 8269/8269CY，Intel Xeon (Cooper Lake) Platinum 8369，3.3/3.8GHz等
⑨ 存儲空間：10TB （相當于8000 Gbp的數(shù)據(jù)）
⑩ 數(shù)據(jù)傳輸速度可達：10M/s （每小時傳輸25Gbp的測序數(shù)據(jù)文件）
? 操作系統(tǒng)：Linux
? 運算速度：使用Cell Ranger分析一個樣本單細胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)（~100Gbp）約2小時
- 10x分析軟件的使用說明和指導
所有獲得此卡的客戶將會獲得10x軟件的使用指導，以培訓班形式進行，培訓班計劃于2022年2月舉辦。目前已安裝布署了Cell Ranger，Space Ranger 等單細胞及空間轉(zhuǎn)錄組生信分析工具。
? 拆分數(shù)據(jù)
從BCL文件格式轉(zhuǎn)化為10x cellranger 需要的fastq文件
? 得到表達矩陣
Cell Ranger可將Fastq文件進一步處理，并分別統(tǒng)計各序列文件的質(zhì)控信息。利用RNA-seq比對軟件STAR(spliced Transcripts Alignment to a Reference),將經(jīng)過下機處理的Read2和參考基因組進行比對，并區(qū)分出外顯子區(qū)，內(nèi)含子區(qū)和基因間區(qū)，并統(tǒng)計注釋到轉(zhuǎn)錄本基因組上的reads個數(shù)，得到表達矩陣，并可以進行二級分析，包含PCA降維分析，Graph-based聚類分析，K-Means聚類分析，差異分析等
? 合并樣本
不同的處理得到的數(shù)據(jù)，可以通過cellranger aggr進行合并，并考慮到測序深度的影響，得到統(tǒng)一的基因表達矩陣
? 精細化分析
通過cellragner reanalyze 設(shè)定一些參數(shù)，比如某群特定barcode進行后期分析，去除某些特定基因，使其不參與后期分析
? 可視化分析
Loupe Broswer 軟件，可以以圖形方式方便查看數(shù)據(jù)結(jié)果，得到細胞聚類圖，基因在細胞聚類圖上的表達圖及小提琴圖、熱圖’等，并可以根據(jù)已知細胞類型的marker對細胞進行注釋。也可用Loupe Broswer做某些類之間的差異分析，得到更多的差異基因，做一些探究性的工作。
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