單細(xì)胞分析能夠準(zhǔn)確的提供出細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)及細(xì)胞內(nèi)生化反應(yīng)的準(zhǔn)確信息，能夠反應(yīng)出細(xì)胞的功能與化學(xué)組分間的特定關(guān)系，以及某些細(xì)胞在生命體內(nèi)的特殊作用。在對單細(xì)胞分析研究中，主要涉及單細(xì)胞進(jìn)樣、溶膜、衍生及檢測技術(shù)。單細(xì)胞分析中如何取樣是該方法研究的關(guān)鍵之一。單個全細(xì)胞進(jìn)樣可以用電遷移或流體動力學(xué)進(jìn)樣。由于以上方法需要對毛細(xì)管的進(jìn)樣端口進(jìn)樣腐蝕，并且需要一些精密微操縱系統(tǒng)，所以操作比較復(fù)雜。
細(xì)胞在進(jìn)入毛細(xì)管通道后，一般需要對細(xì)胞進(jìn)行溶膜以便進(jìn)行細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)的分析分離檢測。通常使用表面活性劑或者用低滲溶液達(dá)到細(xì)胞膜破裂的目的。這種方法操作簡單并且效率較高，細(xì)胞溶膜過程一般為幾秒鐘。在對于細(xì)胞內(nèi)一些反應(yīng)速度很快(秒級或更短的時間)的生化反應(yīng)，例如細(xì)胞內(nèi)的酶活性，若能準(zhǔn)確分析檢測這些物質(zhì)，就需要實驗中細(xì)胞能在亞秒時間內(nèi)溶膜，終止其生化反應(yīng)。
單細(xì)胞內(nèi)很多物質(zhì)沒有天然的熒光特性或電化學(xué)活性，因此要對這些物質(zhì)進(jìn)行檢測分析就需要經(jīng)過衍生化。單細(xì)胞衍生有柱前、柱后、柱上與細(xì)胞內(nèi)衍生。
單細(xì)胞分析柱前衍生是指先將單細(xì)胞溶膜，使組分經(jīng)過衍生后再注入毛細(xì)管進(jìn)行電泳分離的分析方法。柱前衍生具有較大的自由性。柱上衍生的方法就是先把衍生試劑溶入到流動相中，再注入樣品，使分析物和衍生試劑在流動相中完成反應(yīng)。柱前和柱后衍生主要面對分析物的多重標(biāo)記，導(dǎo)致電泳峰的分析及定量難以分辨。
