單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組就是某一時(shí)刻單個(gè)細(xì)胞內(nèi)所有mRNA總表達(dá)量，其表達(dá)量反映該細(xì)胞的總體特征。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的出現(xiàn)使得我們可以把研究的精度從組織多細(xì)胞層面精確到單個(gè)細(xì)胞領(lǐng)域，可以單獨(dú)研究某個(gè)細(xì)胞或者某群細(xì)胞具體的特征，特別是對(duì)于細(xì)胞發(fā)育、腫瘤微環(huán)境、單細(xì)胞圖譜繪制方面發(fā)揮了關(guān)鍵作用。
普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞或一個(gè)器官混合到一起去提取RNA，獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來去提取RNA，然后建庫測(cè)序，獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性，且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類型的細(xì)胞，尤其是當(dāng)我們對(duì)整個(gè)組織或者器官進(jìn)行測(cè)序時(shí)，它們本身就是由不同類型的細(xì)胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測(cè)序，相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類型的差異，展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài)，所以說單細(xì)胞從這個(gè)來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測(cè)，不是用一堆細(xì)胞測(cè)。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，第一步就是把單個(gè)細(xì)胞分選出來。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個(gè)單細(xì)胞，跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細(xì)胞里的RNA提取出來去建庫測(cè)序。但是一個(gè)細(xì)胞里的RNA含量是比較少的，難建庫成功。
