計(jì)算生物學(xué)是一門利用計(jì)算機(jī)技術(shù)研究生物學(xué)的交叉學(xué)科,計(jì)算生物學(xué)實(shí)驗(yàn)也稱為干實(shí)驗(yàn),傳統(tǒng)的生物學(xué)實(shí)驗(yàn)則叫作濕實(shí)驗(yàn)。近年來,隨著人工智能技術(shù)的興起,這門學(xué)科實(shí)現(xiàn)了跨越式發(fā)展,從靶點(diǎn)篩選、分子設(shè)計(jì)到臨床研究,人工智能技術(shù)已成為加速新藥研發(fā)、降低開發(fā)成本的核心驅(qū)動(dòng)力。
近日,上海市科學(xué)技術(shù)委員會(huì)發(fā)布《關(guān)于上海市2025年度關(guān)鍵技術(shù)研發(fā)計(jì)劃“計(jì)算生物學(xué)”擬立項(xiàng)項(xiàng)目的公示》,現(xiàn)將上海市2025年度關(guān)鍵技術(shù)研發(fā)計(jì)劃“計(jì)算生物學(xué)”擬立項(xiàng)項(xiàng)目予以公示。
上海市科學(xué)技術(shù)委員會(huì)特發(fā)布2025年度關(guān)鍵技術(shù)研發(fā)計(jì)劃“計(jì)算生物學(xué)”項(xiàng)目申報(bào)指南中明確,中級范圍包括:
專題一、生物大數(shù)據(jù)共性算法
方向1、基因組大數(shù)據(jù)智能分析算法
研究目標(biāo):建立基因組大數(shù)據(jù)分析的理論體系,發(fā)展獨(dú)立自主的基因組大數(shù)據(jù)挖掘算法及軟件,性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內(nèi)容:面向人類基因組學(xué)大數(shù)據(jù),建立個(gè)體基因組局部祖源推斷的深度學(xué)習(xí)模型,發(fā)展人群和個(gè)體遺傳本源推斷的生成式人工智能算法,重構(gòu)遺傳本源的時(shí)空網(wǎng)絡(luò),揭示高度人口流動(dòng)社會(huì)的遺傳結(jié)構(gòu)動(dòng)態(tài)演化過程。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過150萬元。
方向2、微生物組學(xué)智能分析算法
研究目標(biāo):發(fā)展獨(dú)立自主的微生物組學(xué)分析算法,相比領(lǐng)域內(nèi)主流算法,表型關(guān)聯(lián)的核心菌群和驅(qū)動(dòng)因子識(shí)別等算法的性能提升10%以上。
研究內(nèi)容:開發(fā)微生物組學(xué)數(shù)據(jù)分析挖掘的人工智能算法,完善微生物基因目錄和蛋白組成,建立健康人群微生物組學(xué)數(shù)據(jù)模擬器,開發(fā)微生物-微生物和宿主-微生物互作模型,動(dòng)態(tài)預(yù)測微生物變化及其影響,揭示并驗(yàn)證微生物與宿主表型關(guān)聯(lián)及其因果關(guān)系。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過150萬元。
方向3、多模態(tài)空間組學(xué)數(shù)據(jù)整合算法
研究目標(biāo):開發(fā)多模態(tài)、跨樣本空間組學(xué)數(shù)據(jù)整合算法,精準(zhǔn)解析特定生理病理過程中的細(xì)胞時(shí)空演化規(guī)律,性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內(nèi)容:發(fā)展空間多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)增強(qiáng)、跨模態(tài)對齊與生成、空間網(wǎng)絡(luò)解析的智能算法,實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的有效降噪、整合,構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及細(xì)胞通訊網(wǎng)絡(luò),解析腫瘤等疾病的時(shí)空演化機(jī)制,揭示腫瘤耐藥等過程關(guān)鍵的空間結(jié)構(gòu)及多細(xì)胞互作靶點(diǎn)。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過150萬元。
方向4、生命系統(tǒng)調(diào)控理論與算法
研究目標(biāo):發(fā)展細(xì)胞命運(yùn)和生命節(jié)律等生命過程調(diào)控的動(dòng)力學(xué)模型和定量理論,揭示復(fù)雜生命系統(tǒng)的調(diào)控策略,性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內(nèi)容:面向生命節(jié)律和細(xì)胞命運(yùn)等復(fù)雜生命過程,發(fā)展定性和定量的普適理論,建立生命過程調(diào)控的動(dòng)力學(xué)模型,揭示生命過程的重要調(diào)控因素和機(jī)制,發(fā)現(xiàn)生命系統(tǒng)調(diào)控的重要靶點(diǎn),并在睡眠障礙等疾病診療中進(jìn)行應(yīng)用。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過150萬元。
專題二、蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)改造
方向1、蛋白質(zhì)復(fù)合物動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)模擬
研究目標(biāo):開發(fā)高精度的蛋白質(zhì)動(dòng)態(tài)構(gòu)象預(yù)測方法,提升蛋白質(zhì)互作識(shí)別的動(dòng)態(tài)變化解析能力,提高蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測的準(zhǔn)確性。
研究內(nèi)容:發(fā)展全原子尺度高精度分子力場,提高隱藏變構(gòu)位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)精度,揭示變構(gòu)位點(diǎn)的通信規(guī)律,構(gòu)建包含500條以上蛋白質(zhì)及復(fù)合物的長時(shí)間動(dòng)力學(xué)軌跡的數(shù)據(jù)庫,系統(tǒng)解析蛋白質(zhì)互作中的大尺度構(gòu)象變化和復(fù)合物變構(gòu)組裝機(jī)制;開發(fā)蛋白質(zhì)及復(fù)合物動(dòng)態(tài)構(gòu)象精準(zhǔn)生成AI算法,實(shí)現(xiàn)活性高能構(gòu)象的精準(zhǔn)高效生成,并指導(dǎo)動(dòng)態(tài)蛋白質(zhì)的精準(zhǔn)設(shè)計(jì)。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過150萬元。
專題三、AI藥物發(fā)現(xiàn)
方向1、高藥效藥物設(shè)計(jì)方法開發(fā)與應(yīng)用
研究目標(biāo):針對G蛋白偶聯(lián)受體等靶點(diǎn)的動(dòng)態(tài)調(diào)控機(jī)制,開發(fā)高藥效活性分子設(shè)計(jì)方法,發(fā)現(xiàn)2個(gè)以上候選藥物,獲得動(dòng)物水平有效性評價(jià)報(bào)告。
研究內(nèi)容:聚焦G蛋白偶聯(lián)受體等靶點(diǎn)的動(dòng)態(tài)調(diào)控機(jī)制,利用人工智能技術(shù)建立配體-受體結(jié)合動(dòng)力學(xué)優(yōu)化的高藥效活性分子設(shè)計(jì)方法,實(shí)現(xiàn)納摩爾級親和力、小時(shí)級靶點(diǎn)時(shí)間停留,開發(fā)出更具臨床價(jià)值的新藥候選物。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過250萬元。
申報(bào)主體要求:本市企業(yè),或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報(bào)(須掃描上傳正式合作協(xié)議)。
方向2、靶向蛋白藥物設(shè)計(jì)方法開發(fā)與應(yīng)用
研究目標(biāo):發(fā)展靶向蛋白互作的藥物設(shè)計(jì)方法,發(fā)現(xiàn)2個(gè)以上候選藥物,獲得動(dòng)物水平有效性評價(jià)報(bào)告。
研究內(nèi)容:發(fā)展靶向蛋白之間相互作用的藥物設(shè)計(jì)體系,構(gòu)建專用的化合物實(shí)體庫,開發(fā)人工智能算法實(shí)現(xiàn)小分子配體的從頭設(shè)計(jì)、成藥性質(zhì)預(yù)測,獲得在動(dòng)物模型上表現(xiàn)出預(yù)期活性的新型小分子候選化合物。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過250萬元。
申報(bào)主體要求:本市企業(yè),或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報(bào)(須掃描上傳正式合作協(xié)議)。
方向3、高效活體藥物篩選的定量算法開發(fā)和應(yīng)用
研究目標(biāo):開發(fā)活體成像技術(shù)和活體藥物篩選系統(tǒng),提升藥物與活體動(dòng)物動(dòng)態(tài)行為表型的實(shí)時(shí)追蹤和關(guān)系解析能力,發(fā)現(xiàn)2個(gè)以上候選小分子藥物,獲得動(dòng)物水平有效性評價(jià)報(bào)告。
研究內(nèi)容:開發(fā)高時(shí)空分辨動(dòng)物活體成像技術(shù),建立表型藥物快速篩選體系,構(gòu)建涵蓋不同藥物作用下的多參數(shù)動(dòng)物表型數(shù)據(jù)庫,發(fā)展基于活體表型的藥效AI預(yù)測模型,發(fā)現(xiàn)具有高成藥性的候選小分子藥物。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過250萬元。
申報(bào)主體要求:本市企業(yè),或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報(bào)(須掃描上傳正式合作協(xié)議)。
方向4、中藥藥物篩選方法開發(fā)與應(yīng)用
研究目標(biāo):構(gòu)建多模態(tài)中藥知識(shí)圖譜,研發(fā)中醫(yī)辨證與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)融合的可解釋推理模型,闡明2種以上中藥組方的多維效應(yīng)機(jī)制,獲得動(dòng)物水平有效性評價(jià)報(bào)告。
研究內(nèi)容:建立融合中醫(yī)辨證論治和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的多模態(tài)中醫(yī)藥知識(shí)圖譜,開發(fā)“癥狀-化學(xué)成分-網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)-通路-病證效應(yīng)”的可解釋推理模型,實(shí)現(xiàn)中藥組方的多成分、多靶點(diǎn)、多通路的多維藥效機(jī)理的闡釋,并在動(dòng)物水平開展驗(yàn)證評價(jià)。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過250萬元。
申報(bào)主體要求:本市企業(yè),或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報(bào)(須掃描上傳正式合作協(xié)議)。
專題四、臨床應(yīng)用技術(shù)
方向1、傳染病大模型構(gòu)建與應(yīng)用
研究目標(biāo):建立多模態(tài)數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的傳染病大模型,提升重大傳染病的防控能力,實(shí)現(xiàn)對新發(fā)突發(fā)和重大傳染病防控的輔助決策,并通過預(yù)警準(zhǔn)確、溯源一致等量化指標(biāo)進(jìn)行效能評價(jià)。
研究內(nèi)容:挖掘傳染病關(guān)聯(lián)的基因組學(xué)、影像學(xué)、臨床數(shù)據(jù)等多模態(tài)數(shù)據(jù)之間的潛在聯(lián)系,抽取醫(yī)學(xué)先驗(yàn)知識(shí)中的邏輯規(guī)則,構(gòu)建高質(zhì)量傳染病數(shù)據(jù)集,開發(fā)具備強(qiáng)泛化性和可解釋性的知識(shí)推理傳染病大模型,實(shí)現(xiàn)傳染病風(fēng)險(xiǎn)識(shí)別、流調(diào)甄別、基因溯源和人群風(fēng)險(xiǎn)管理等場景的深度應(yīng)用。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。
方向2、眼科大模型構(gòu)建與應(yīng)用
研究目標(biāo):開發(fā)大模型知識(shí)推理算法,構(gòu)建多模態(tài)眼科大模型,實(shí)現(xiàn)大模型輔助下的慢病精準(zhǔn)篩查,在5家以上社區(qū)推廣應(yīng)用。
研究內(nèi)容:建立多模態(tài)數(shù)據(jù)編碼、融合與對齊框架,探索慢性腎病、心腦血管等疾病在眼底數(shù)據(jù)中的表征機(jī)制,構(gòu)建應(yīng)用于慢病精準(zhǔn)推理大模型,為患者提供個(gè)性化、全方位的健康評估方案,推進(jìn)社區(qū)慢病智能篩查的普及。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。
方向3、兒童白血病精準(zhǔn)診療技術(shù)開發(fā)與應(yīng)用
研究目標(biāo):通過開發(fā)個(gè)體化基因組變異分析方法,精準(zhǔn)鑒別高危白血病患兒并進(jìn)行精準(zhǔn)干預(yù),形成兒童白血病分子診療新范式,兒童白血病精準(zhǔn)分型率提升25%以上。
研究內(nèi)容:發(fā)展計(jì)算分析方法,提升臨床基因組變異的個(gè)體化分析效能,通過對兒童白血病大規(guī)模臨床研究隊(duì)列組學(xué)數(shù)據(jù)的計(jì)算分析,發(fā)現(xiàn)新的具有明確臨床應(yīng)用價(jià)值的診斷與治療新靶點(diǎn),建立適用于臨床多中心應(yīng)用的標(biāo)準(zhǔn)化、智能化數(shù)據(jù)集成與分析系統(tǒng),形成化療、免疫治療等相結(jié)合的兒童白血病分子診療新范式。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。
專題五、前瞻性技術(shù)
方向1、虛擬細(xì)胞技術(shù)開發(fā)
研究目標(biāo):針對腦、心臟、肝臟等人體重要器官,構(gòu)建虛擬細(xì)胞參照系和人工智能模型,支撐虛擬臨床細(xì)胞治療以及體外模擬藥物篩選。
研究內(nèi)容:基于基因組學(xué)、單細(xì)胞組學(xué)等多尺度數(shù)據(jù),構(gòu)建人體重要器官的虛擬細(xì)胞參照系和多層次基礎(chǔ)模型,解碼不同類型分子的協(xié)同作用對細(xì)胞命運(yùn)決定的影響;模擬器官發(fā)育與病理發(fā)生發(fā)展的時(shí)空動(dòng)態(tài)過程,支撐生命過程的數(shù)字再現(xiàn)、虛擬臨床細(xì)胞治療以及體外模擬藥物篩選。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過2個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。
方向2、AI賦能類器官技術(shù)開發(fā)
研究目標(biāo):面向人類疾病建模、藥物篩選等應(yīng)用場景,建立重大疾病的類器官構(gòu)建技術(shù),構(gòu)建疾病特異性的類器官體系和體外藥物篩選系統(tǒng)。
研究內(nèi)容:通過整合類器官的多組學(xué)和空間轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù),解析患者個(gè)體化類器官細(xì)胞發(fā)育譜系,實(shí)現(xiàn)藥物新靶點(diǎn)的自動(dòng)化發(fā)現(xiàn);開發(fā)基于類器官的體外篩藥系統(tǒng),建立個(gè)體化治療的藥物篩選策略,提高類器官技術(shù)在藥物篩選、疾病機(jī)理研究等領(lǐng)域的應(yīng)用水平。
執(zhí)行期限:2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度:非定額資助,擬支持不超過2個(gè)項(xiàng)目,每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。